संस्थान एक डॉक्टरेट कार्यक्रम संचालित करता है, जिसमे होमी भाभा राष्ट्रीय संस्थान ( एचबीएनआई ) द्वारा पीएचडी डिग्री प्रदान की जाती है | जिन छात्रों के पास मान्यता प्राप्त विश्वविद्यालय / संस्थान से भौतिकी (या अंतिम वर्ष की परीक्षा मे सम्मिलित ) में एमएससी की डिग्री है और जेस्ट / सीएसआईआर-नेट / गेट में कट ऑफ (प्रत्येक वर्ष तय) से ऊपर हैं, अंतिम चयन के लिए परीक्षण और साक्षात्कार के लिए बुलाए जाते हैं | छात्रों को संस्थान के संकाय सदस्य की देखरेख में अपने डॉक्टरेट शोध शुरू करने के लिए एक वर्ष का पाठ्यक्रम (coursework) सफलतापूर्वक पूरा करने की आवश्यकता होती है | संस्थान में अनुसंधान गतिविधियों को व्यापक रूप से निम्नलिखित क्षेत्रों में विभाजित किया गया है:
उच्च ऊर्जा भौतिकी
संघनित पदार्थ भौतिकी
नाभिकीय भौतिकी
उपर्युक्त क्षेत्रों में से प्रत्येक में सैद्धांतिक और प्रयोगात्मक क्षेत्र मे शोध कार्य किया जाता है। (विवरण मुख्य मेनू में 'अनुसंधान' लिंक मे दिया गया है।)शोध कर्ताओ को डॉक्टरेट कार्यक्रम के प्रथम वर्ष मे 25,000 / - रुपये की छात्रवृत्ति का भुगतान किया जाता है। (यानी डॉक्टरेट कोर्स के दौरान). उसके बाद, मासिक छात्रवृत्ति बढ़ा कर 28,000 / - रुपये की जाती है। किताबें खरीदने और अन्य शोध संबंधी खर्चों के लिए प्रति वर्ष 30,000 / - रुपये का आकस्मिक अनुदान दिया जाता है।शोध कर्ताओ को भारत और विदेशों में होने वाले प्रासंगिक और उपयोगी शैक्षणिक बैठकों में भाग लेने के लिएप्रोत्साहित किया जाता है।संस्थान के परिसर मे छात्रावास उपलब्ध है (यदि शोध कर्ता बाहर रहना पसंद करता है, तो छात्रवृत्ति का 20% किराया भत्ता दिया जाता है)। शोध कर्ताओ के लिए कैंपस चिकित्सा सुविधाएं भी उपलब्ध हैं।
शोध विद्वानों को पहले दो वर्षों मे 31,000 / - रुपये प्रति माह की फैलोशिप का भुगतान किया जाता है और उसके बाद, मासिक फैलोशिप बढाकर प्रति माह 35,000 / - रूपये की जाती हैं । 40,000 / - रुपये प्रति वर्ष का आकस्मिक अनुदान सम्मेलन, कार्यशालाओं और स्कूलों में भाग लेने के लिए किताबें, हार्डवेयर, सॉफ्टवेयर और यात्रा व्यय के लिए प्रदान किया जाता है। शोध विद्वानों को भारत और विदेशों में प्रासंगिक और उपयोगी शैक्षणिक बैठकों में भाग लेने के लिए प्रोत्साहित किया जाता है। संस्थान के परिसर मे छात्रावास उपलब्ध हैं। संस्थान के नियमों के अनुसार विद्वानों के लिए चिकित्सा सुविधाएं उपलब्ध हैं।